2003年以來，財政監(jiān)督和專員辦工作以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，認真貫徹落實部黨組提出的“一、二、三、四”財政工作思路，緊緊圍繞促進財政管理和深化財政改革這一中心，著力構(gòu)建全方位財政監(jiān)督長效機制，不斷搞好日常性財政監(jiān)管，深入開展中央財政收支、金融、會計和財政部門內(nèi)部監(jiān)督，強化財政資金的規(guī)范、安全和有效性監(jiān)督,在維護國家財稅法令的統(tǒng)一，查處嚴重違規(guī)違紀問題，整頓和規(guī)范市場經(jīng)濟秩序，規(guī)范財政監(jiān)督行為，保障財政正常運行和宏觀調(diào)控措施的順利實施等方面做了大量工作，發(fā)揮了重大作用，取得了明顯成效。
一方面，堅持加強財政監(jiān)督與規(guī)范財政業(yè)務(wù)管理、深化財政改革相結(jié)合，不斷調(diào)整完善財政監(jiān)管工作方式方法，強化對預算執(zhí)行全過程的監(jiān)督與追蹤問效，進一步加大了事前審核、事中監(jiān)控的工作力度，有效地促進了各項政策與改革的實施。一是積極服務(wù)財政國庫管理制度改革，陸續(xù)承擔糧庫建設(shè)資金、車購稅交通專項資金以及部分中央部門財政直接支（撥）付資金的初審工作；二是參與預算單位銀行賬戶管理；三是參與“三會”派出機構(gòu)、海關(guān)、出入境檢驗檢疫局部分分支機構(gòu)等部門預算編制等日常監(jiān)管工作；四是參與部分專項資金的審核工作。據(jù)統(tǒng)計，2003年到2006年，監(jiān)督檢查局組織全國專員辦共參與審核各類申報資金10308億元，審核剔除不合規(guī)申報資金526億元；征收、監(jiān)繳中央非稅收入1281億元。
另一方面，緊緊圍繞財政中心工作，不斷加強對重大財政宏觀調(diào)控政策執(zhí)行情況的監(jiān)督檢查，重點關(guān)注涉及人民群眾切身利益的“三農(nóng)”、社保等重大支出使用情況，積極開展中央財政收支、金融、會計和財政部門內(nèi)部監(jiān)督，充分發(fā)揮財政監(jiān)督在保障財政正常運行和宏觀調(diào)控措施的順利實施、整頓和規(guī)范財經(jīng)秩序等方面的作用。據(jù)統(tǒng)計，2003年到2006年，監(jiān)督檢查局組織全國專員辦共查處各類有問題金額3332.84億元，向有關(guān)部門提出處理建議771件，其中665人受到黨紀政紀處分，14人被移送司法機關(guān)立案處理，114名注冊會計師受到行政處罰，37戶會計師事務(wù)所受到行政處罰。同時，結(jié)合監(jiān)督工作加強調(diào)查研究，提出了大量的改進管理的意見和建議，有效地促進了財政管理水平的不斷提高。
經(jīng)過幾年的努力，初步建立了事前審核、事中監(jiān)控與事后檢查相結(jié)合；內(nèi)外監(jiān)督相結(jié)合；實時監(jiān)控、綜合檢查、跟蹤反饋相結(jié)合的全方位財政監(jiān)督長效機制，一個適應(yīng)中國國情的財政監(jiān)督體系正在逐步形成，并向規(guī)范化、制度化方向邁進。
