“十二五”期間，圍繞保障國家糧食安全、生態(tài)安全和增加農(nóng)民收入等重大目標(biāo)，863計(jì)劃現(xiàn)代農(nóng)業(yè)技術(shù)領(lǐng)域先后啟動(dòng)了“作物分子育種與品種創(chuàng)制”、“林果花草分子育種與品種創(chuàng)制”、“主要蔬菜分子育種與功能基因組研究”等3個(gè)項(xiàng)目。經(jīng)過近五年的研究，各項(xiàng)目組攻克了一批分子育種關(guān)鍵技術(shù)，選育了一批高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、多抗、高效的作物、蔬菜及林果花草的新種質(zhì)、新品種，有力推進(jìn)了我國植物育種技術(shù)的發(fā)展，帶動(dòng)了相關(guān)產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新和能力提升，部分相關(guān)成果達(dá)到世界先進(jìn)水平。

在主要農(nóng)作物分子育種方面，項(xiàng)目組建立并完善了水稻、小麥、玉米等主要作物的分子設(shè)計(jì)育種技術(shù)體系、表型—基因型數(shù)據(jù)管理與共享體系，完善主要農(nóng)作物重要性狀表型組、基因組、蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫6個(gè)；開發(fā)功能基因標(biāo)記3250個(gè)，精細(xì)定位重要性狀基因/主效QTL 507個(gè)，其中有重大育種價(jià)值的基因/QTL 76個(gè)；創(chuàng)制優(yōu)異新種質(zhì)1601份，培育新品種242個(gè)，其中水稻中嘉早17、小麥中麥175等重大品種31個(gè)，累計(jì)推廣3.5億畝。獲得植物新品種權(quán)68項(xiàng)、專利98項(xiàng)，發(fā)表論文300余篇。

在蔬菜分子育種方面，項(xiàng)目組利用全基因組測序和重測序，進(jìn)行了大規(guī)模功能基因SNP、InDel 標(biāo)記發(fā)掘，建立了高通量標(biāo)記檢測平臺(tái)，分別構(gòu)建了包含 50-100萬個(gè)SNP 位點(diǎn)的白菜、甘藍(lán)、番茄、黃瓜、西瓜全基因組遺傳變異圖譜和包含超過1萬個(gè)以上SNP 或InDel的標(biāo)記檢測系統(tǒng)，同時(shí)，構(gòu)建了多種蔬菜的高效誘導(dǎo)單倍體和雙單倍體材料的技術(shù)體系。經(jīng)過近4年的研究，項(xiàng)目組獲得白菜、甘藍(lán)等蔬菜重要性狀緊密連鎖的分子標(biāo)記 204 個(gè)，定位并克隆重要功能基因23個(gè)，獲得單倍體、DH株系、異附加系、易位系、漸滲系等新材料1131份，選育優(yōu)異新種質(zhì)115份，選育新品種44個(gè)，新品種累計(jì)推廣超過50萬畝，獲得授權(quán)發(fā)明專利32項(xiàng)，發(fā)表論文215篇。

在林果花草分子育種方面，項(xiàng)目組以林木、果樹、花卉、草等四大類20余種植物為對象，建立了林果花草多基因聚合育種、分子設(shè)計(jì)育種、分子標(biāo)記輔助選擇育種等技術(shù)平臺(tái)。項(xiàng)目組開發(fā)重要性狀分子標(biāo)記597個(gè)，構(gòu)建高密度遺傳連鎖圖譜3個(gè)，定位重要性狀相關(guān)QTL 72個(gè)，分離了重要農(nóng)藝性狀基因419個(gè)，創(chuàng)制育種新材料896份，獲得植物新品種權(quán)97項(xiàng)，發(fā)表SCI論文159篇，出版專著2部，獲得授權(quán)專利83項(xiàng)，獲國家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)1項(xiàng)。

“作物分子育種與品種創(chuàng)制”、“主要蔬菜分子育種與功能基因組研究”和“林果花草分子育種與品種創(chuàng)制”3個(gè)項(xiàng)目全面完成了立項(xiàng)任務(wù)書規(guī)定的各項(xiàng)任務(wù)指標(biāo)，研究成果有力推動(dòng)了我國植物育種的發(fā)展，帶動(dòng)了相關(guān)產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新和能力提升，于2016年6月21日，順利通過科技部863計(jì)劃現(xiàn)代農(nóng)業(yè)技術(shù)領(lǐng)域的技術(shù)驗(yàn)收。