根據(jù)國務院關于三峽工程2006年汛末蓄水156米的批示，以及國家防汛抗旱總指揮部和長江防汛總指揮部關于156米蓄水期三峽水庫水位調度控制意見，三峽工程于9月20日22時開始啟動156米蓄水，比初步設計蓄水計劃提前一年。
此次三峽蓄水將采取分階段抬高水位的方式，根據(jù)蓄水安排，三峽水庫壩前起調水位為135.7米，9月25日前壩前水位不超過144米，9月30日壩前水位不超過148米，在148米水位時暫停蓄水兩天，開展安全監(jiān)測各項工作，然后繼續(xù)蓄水10月中旬達到156米。蓄水方案統(tǒng)籌兼顧了防洪、發(fā)電、航運調度，統(tǒng)籌兼顧了社會效益、生態(tài)效益和經(jīng)濟效益，統(tǒng)籌兼顧了上游地質災害防治和下游供水，并始終把防洪、下游供水等社會效益放在首位。為滿足三峽水庫下游用水需求，9月下旬水庫下泄流量按不低于8000立方米/秒控制，當遇下游水位特低情況，可視下游用水需求對下游適當補水；當入庫流量超過46800立方米/秒時，三峽水庫按遭遇大洪水情況，實行保樞紐工程安全的調度方式運行。
按照初步設計要求，三峽工程總工期為17年，分圍堰擋水發(fā)電、初期運行和正常運行三期建設，三峽水庫水位分別蓄至135米、156米和175米。156米蓄水完成后，三峽水庫將具有防洪庫容110億立方米，已投產(chǎn)的14臺機組發(fā)電出力達到額定的70萬千瓦，電站的發(fā)電量以及調峰能力都將有較大提高，可向電力系統(tǒng)提供穩(wěn)定的電能。提前一年蓄水至156米，三峽電站將多發(fā)電78.50億千瓦時。同時，三峽工程將發(fā)揮更大的航運效益。自三峽壩址三斗坪以上，航道改善里程將達到570公里，比135米蓄水高程延伸140公里左右，重慶長壽以下的涪陵、萬州等港口水深條件將大為改善，成為深水良港。
為了確保三峽工程蓄水順利進行，中國三峽總公司組織成立了三峽水庫156米蓄水領導小組，負責協(xié)調蓄水期間的水調、電調、航運、漂浮物處理等事項，蓄水過程中將密切關注來水變化，加強對樞紐和水庫的監(jiān)測，確保蓄水安全。
