一是組織協(xié)調(diào)機(jī)制。在管理方式上，跨設(shè)區(qū)市域的閩江、九龍江、敖江流域整治由省里組織實施，閩江、九龍江流域整治兩次被列為福建省委省政府為民辦事項目；其他流域由所在設(shè)區(qū)市組織。在組織機(jī)構(gòu)上，成立省環(huán)境保護(hù)委員會，建立流域整治聯(lián)席會議制度；各市、縣（區(qū)）也都成立相應(yīng)機(jī)構(gòu)，定期研究部署工作。
二是責(zé)任考核機(jī)制。福建省政府在實施設(shè)區(qū)市市長環(huán)保目標(biāo)責(zé)任書考核、市縣（區(qū)）政府環(huán)保年度考核，建立環(huán)保約談告誡制度的同時，建立閩江、九龍江流域整治工作考核通報制度，將年度水質(zhì)情況、整治任務(wù)完成情況與當(dāng)?shù)卣h(huán)保實績考核和次年環(huán)保專項資金補(bǔ)助掛鉤。
三是資金投入機(jī)制。全省污染防治資金、省直部門專項資金和各地財政加大對重點流域治理的投入。此外，從2003年起省里就探索建立生態(tài)受益地區(qū)向生態(tài)保護(hù)地區(qū)提供生態(tài)補(bǔ)償?shù)臋C(jī)制，建立了閩江、九龍江、晉江流域上下游生態(tài)補(bǔ)償制度，生態(tài)公益林補(bǔ)償制度和礦山生態(tài)恢復(fù)保證金制度。福建省閩江、九龍江流域已被環(huán)保部列為國內(nèi)實施生態(tài)補(bǔ)償?shù)牡谝慌?個試點區(qū)域之一。
四是綜合管理機(jī)制。在加強(qiáng)對環(huán)境違法行為查處的同時，注重運(yùn)用經(jīng)濟(jì)手段改變“企業(yè)環(huán)境守法成本高、違法成本低”的狀況。如，實行污水處理廠處理合格率與運(yùn)營費(fèi)掛鉤政策；落實“綠色金融”政策，嚴(yán)格對違法企業(yè)的信貸控制；對污水處理廠及其配套管網(wǎng)建設(shè)滯后的地方、開發(fā)區(qū)實行區(qū)域“限批”。
