近年，福建省實施了全省環(huán)境監(jiān)測體系一、二期工程，各級環(huán)境監(jiān)測站儀器設備總值從2000年約0.4億元增至目前的2.3億元。目前，全省已經(jīng)建立了三個水環(huán)境監(jiān)測監(jiān)控體系。
一是流域水環(huán)境監(jiān)測體系。在主要水系設置134個省控監(jiān)測斷面，在117個主要水源地布設省控監(jiān)測點，在主要湖庫和城市內(nèi)河分別設置了11個、29個省控監(jiān)測點（斷面）。在重點流域的設區(qū)市交界斷面、入海斷面建設了10個水質(zhì)自動監(jiān)測站，實施連續(xù)自動監(jiān)測。各市、縣（區(qū)）也分別設置市、縣控監(jiān)測斷面分級監(jiān)測。
二是重點污染源監(jiān)測體系。在152家省重點排污單位安裝了在線監(jiān)控設備，進行連續(xù)在線監(jiān)控，并將監(jiān)控信號聯(lián)網(wǎng)至省環(huán)保局。
三是環(huán)境應急監(jiān)測體系。省、市、縣三級環(huán)境監(jiān)察機構(gòu)新配備了近百部環(huán)境監(jiān)察車輛，省環(huán)境監(jiān)測中心站和福州、廈門、泉州、漳州、龍巖市還配備了環(huán)境應急監(jiān)測車；各級環(huán)保部門制定了突發(fā)環(huán)境事故應急預案，開展應急演練，基本形成了覆蓋全省的應急監(jiān)測網(wǎng)絡。
