在國家科技支撐計劃的支持下，我國良種繁育新技術研究與畜禽品種選育核心群建設發(fā)展迅速，已選育出多個重要畜禽水產新品種。
將分子標記輔助選擇技術、牛羊Ｘ/Ｙ精子分離育種技術、幼畜體外胚胎生產技術、牛羊高效排卵控制技術以及公畜精液長效保存技術等多種技術進行集成創(chuàng)新，建立了牛羊高效選育技術和快速擴繁技術兩大技術體系。初步構建了優(yōu)質、穩(wěn)定的體細胞庫，為轉基因動物育種、體細胞核移植，以及干細胞研究提供優(yōu)質的細胞材料，形成完備的卵母細胞培養(yǎng)、保存平臺，建立牛、羊、豬的新鮮卵母細胞體外成熟培養(yǎng)體系，獲得國內首例冷凍卵母細胞體外受精犢牛，填補了國內空白。
通過奶牛生產性能測定、體型外貌鑒定、青年公牛后裔測定等登記中國荷斯坦奶牛頭數達10.1萬頭，性能測定總頭數達到87980頭。選出了56頭有后裔測定成績的優(yōu)秀種公牛，選育出核心群種子母牛1000頭。通過收集生產性能和DNA樣品，確認了ABCG2、OPN和PRLR等8個影響乳蛋白含量的新功能基因及其多態(tài)性位點遺傳標記，組建了高蛋白系核心種子母牛群，選育出10頭高乳蛋白系公牛。開展了三河牛和新疆褐牛的品種資源調查，建立了11000頭三河牛的登記數據庫，形成100頭核心群、10000頭擴繁群的模式；形成了規(guī)模為700頭（成母牛）的新疆褐牛育種核心群。應用肉牛線性評分方法，對魯西牛肉根據體型外貌對基礎牛群做出個體選配計劃，組建秦川肉牛開放育種核心群和紅安格斯牛育種核心群。
利用我國東北民豬、萊蕪豬、淮豬、清平豬、藏豬、北京黑豬、榮昌豬、撒壩豬8個優(yōu)良地方品種資源選育配套系（品系），從繁殖、肉質、生產等性能和飼料轉化率等對作為母系的8個地方品種進行了測定。通過對褐殼蛋雞和白殼蛋雞純系進行持續(xù)選育改良，形成了2個各具特色的優(yōu)質高產蛋雞新品種（配套系）。新培育的白羽肉鵝新品系具有繁殖性能優(yōu)良、早期生長速度快、成年或上市時全身羽毛純白等優(yōu)點，既適合產業(yè)化肉鵝生產企業(yè)和各種肉鵝生產者，也可用于羽絨生產或兼顧羽絨生產。
在水產新品系選育方面，建立了49個尼羅羅非魚家系，鯉F2選育家系81個和對照家系19個，牙鲆半同胞家系和全同胞家系63個，大菱鲆28個父系半同胞家系，64個母系全同胞家系。建立了中國對蝦48個全同胞家系，其中包括7個半同胞家系，4個F2代家系；篩選出抗高氨氮的家系13個，抗高pH的家系16個。建立斑節(jié)對蝦同胞家系44個、半同胞家系22個。建立了35個青蝦家系，培育了75個凡納濱對蝦抗WSSV家系。獲得了馬氏珠母貝8個家系和1個選育群體。
在牧草、特種動物新品種選育方面，進行了優(yōu)質高產抗逆苜蓿和飼料作物新品種選育，培育出牧草新品種科爾沁尖葉胡枝子，2006年通過牧草新品種審定。創(chuàng)制了家蠶抗NPV病毒、天然綠色繭、低練減率品種3個育種素材，選育了長絲長高品位生絲三眠蠶品種“蘇科×四季”，確定了適合于夏秋季飼養(yǎng)的家蠶品種雜交組合4個；選育出優(yōu)質、高產、適合條桑收獲的桑樹品種2個，在江蘇、浙江、內蒙古等?。▍^(qū)）進行了中試種植。對高癸烯酸蜜蜂種群進行了篩選和閉鎖繁育，已完成核心群60群，癸稀酸含量超過1.8%。
