轉制院所最為突出的問題是，所承擔的具有戰(zhàn)略意義重大研發(fā)項目的作用和為行業(yè)技術服務的能力普遍減弱。
主要原因是院所轉制后變成名副其實的企業(yè)，普遍把精力聚焦在市場上，追求利益最大化，考慮長遠利益和國家目標較少，無力顧及行業(yè)共性技術研發(fā)和服務；具有一定研發(fā)創(chuàng)新能力和產業(yè)化實力的行業(yè)大院大所，雖然在生存上不存在問題，經濟效益甚至比轉制以前還要好，但多半也是吃老本，有的已經顯現(xiàn)出技術儲備和后續(xù)研發(fā)能力不足的苗頭；轉制院所由原來為行業(yè)企業(yè)提供技術服務轉變?yōu)榕c同行業(yè)企業(yè)進行競爭，其最好的技術成果只會給自己專用，不會擴散到整個行業(yè)。
國家應加強組織和領導，將轉制院所科研工作納入到國家研發(fā)創(chuàng)新的戰(zhàn)略規(guī)劃之中，并明確有關部門指導、協(xié)調其研發(fā)方向和內容，使其逐步擔負起重大工程技術、應用基礎研究和行業(yè)共性技術方面的引領作用。
建立若干個行業(yè)前沿、關鍵、共性技術的研發(fā)基地。在“十一五”期間，加強戰(zhàn)略研究力量的集成，在院所改革的基礎上，以仍有一定實力的行業(yè)大院大所為依托，整合有關方面科研力量，重組形成若干個類似美國國家實驗室那樣的國家級行業(yè)前沿、關鍵、共性技術研發(fā)基地，專門承擔行業(yè)應用基礎研究、高技術研究、公益性技術研究、關鍵技術裝備研究和開發(fā)的任務，培養(yǎng)和穩(wěn)定一批專門的研發(fā)人才。
