為加快建立有利于資源節(jié)約和環(huán)境保護(hù)的財(cái)稅制度，推進(jìn)經(jīng)濟(jì)增長方式實(shí)現(xiàn)根本性轉(zhuǎn)變，針對廉價(jià)或無償使用資源造成資源浪費(fèi)和環(huán)境污染日益加劇的問題，啟動了以煤炭資源為試點(diǎn)的礦產(chǎn)資源有償使用制度改革。改革以深化煤炭資源探礦權(quán)采礦權(quán)有償取得和建立煤炭資源勘查、開發(fā)合理成本負(fù)擔(dān)制度為核心；以加大煤炭資源勘查的支持力度，完善煤炭資源稅費(fèi)政策，加強(qiáng)煤炭資源開發(fā)管理和宏觀調(diào)控，促進(jìn)煤炭資源合理有序開發(fā)，不斷提高煤炭資源回采率為目標(biāo)。改革的政策措施主要有五個方面：一是嚴(yán)格實(shí)行煤炭資源探礦權(quán)、采礦權(quán)有償取得制度；二是將煤炭資源勘查作為中央財(cái)政地質(zhì)勘查基金（周轉(zhuǎn)金）支持重點(diǎn)；三是建立煤礦礦山環(huán)境治理和生態(tài)恢復(fù)責(zé)任機(jī)制；四是合理調(diào)整煤炭資源稅費(fèi)政策；五是加強(qiáng)煤炭資源開發(fā)管理和宏觀調(diào)控。此項(xiàng)改革是財(cái)稅政策推進(jìn)經(jīng)濟(jì)增長方式轉(zhuǎn)變的重要舉措。國務(wù)院召開全國電視電話會議對試點(diǎn)改革工作進(jìn)行了動員和部署，從2006年起，試點(diǎn)改革工作在山西、內(nèi)蒙等8個煤炭主產(chǎn)省全面推開，相關(guān)配套政策均已出臺。2007年底，將對試點(diǎn)工作進(jìn)行評估、總結(jié)提出進(jìn)一步完善礦產(chǎn)資源有償使用制度改革的政策建議。
針對當(dāng)前部分企業(yè)肆意排污而不顧忌環(huán)境成本，環(huán)境保護(hù)缺乏內(nèi)在約束和激勵機(jī)制的問題，財(cái)政部提出了以排污權(quán)有償取得和排污權(quán)交易改革為突破口，推進(jìn)環(huán)境有償使用制度改革的總體思路。具體是：在“總量控制”的前提下，實(shí)行排污權(quán)有償取得，政府將排污權(quán)有償出讓給排污者，改變目前企業(yè)隨意排污而不顧忌成本的狀況，同時(shí)允許排污權(quán)進(jìn)行交易，以使企業(yè)在利益的驅(qū)動下，珍惜有限的排污權(quán)，減少污染物的排放，并可因減少排放而受益。排污權(quán)有償取得和排污權(quán)交易改革涉及體制改革，十分復(fù)雜，初步考慮，擬在某一行業(yè)或某一流域內(nèi)先行試點(diǎn)，在探索經(jīng)驗(yàn)的同時(shí)，抓緊相關(guān)政策的建立和完善。
