１９６０年到１９６４年，為了貫徹國民經濟調整的方針，進行了建國后的第三次較大機構改革。
一是先后在中央和地方各級機關進行了兩次比較集中的干部精簡運動。第一次是１９６０年７月至１９６１年９月，主要集中在中央一級機關。這次干部精簡以事業(yè)單位為重點，對行政部門和事業(yè)單位同時進行精簡。經過一年多的努力，在機構方面，中央各部門司局級機關減少１５％，事業(yè)單位減少２６％；行政機關精簡１．６萬余人，事業(yè)單位精簡６．５萬余人。第二次精簡從１９６２年２月至１９６４年，范圍包括中央和地方各級機關。經過近兩年時間的努力，中央國家機關在１９６１年精簡的基礎上，又精簡了１萬人。全國共精簡８１萬人。精簡下來的干部大多數充實到基層和生產第一線。
二是中央收回五十年代后期下放給地方的權力并恢復被撤銷的機構，到１９６５年底，國務院的機構數達到７９個，為建國后的第二次高峰。
