為進一步加強林業(yè)生態(tài)工程建設(shè)資金的使用與管理，提高資金的安全性、規(guī)范性和有效性，財政部和國家林業(yè)局在原《重點地區(qū)天然林資源保護工程建設(shè)資金管理規(guī)定》（財基字[1999]92號）及《林業(yè)重點生態(tài)工程建設(shè)資金管理暫行規(guī)定》（林計發(fā)[2002]261號）的基礎(chǔ)上，針對近年來在資金檢查中發(fā)現(xiàn)的主要問題，以及預(yù)算管理體制、資金撥付方式改變的實際情況，根據(jù)《中華人民共和國預(yù)算法》、《基本建設(shè)財務(wù)管理規(guī)定》（財建[2002]394號）等有關(guān)法律、法規(guī)和規(guī)章制度，結(jié)合林業(yè)生態(tài)工程特點，聯(lián)合制定出臺了《林業(yè)生態(tài)工程建設(shè)資金管理辦法》，該辦法的主要內(nèi)容包括：
一、明確了林業(yè)生態(tài)工程建設(shè)資金的概念
《辦法》所指林業(yè)生態(tài)工程建設(shè)資金，是指用于天然林保護工程、退耕還林工程、三北和長江流域等防護林體系建設(shè)工程、京津風(fēng)沙源治理工程、野生動植物保護及自然保護區(qū)建設(shè)工程、濕地保護工程、林木種苗工程、重點森林火險區(qū)綜合治理工程等的中央預(yù)算內(nèi)固定資產(chǎn)投資補助資金（含國債項目資金）。
二、明確了林業(yè)生態(tài)工程建設(shè)資金預(yù)算下達的方式和管理要求。
財政部依據(jù)有關(guān)規(guī)定審核、下達林業(yè)生態(tài)工程建設(shè)資金預(yù)算，中央本級項目預(yù)算下達中央單位；補助地方項目預(yù)算，下達省級財政部門，同時抄送國家林業(yè)局。省級財政部門在收到中央財政預(yù)算文件后，商同級林業(yè)部門按規(guī)定及時審核下達預(yù)算。林業(yè)生態(tài)工程建設(shè)資金實行“先審核，后下達預(yù)算”的辦法，財政部門按有關(guān)規(guī)定對不符合要求的項目可以暫緩或停止下達預(yù)算。預(yù)算下達后，必須嚴(yán)格執(zhí)行。未經(jīng)批準(zhǔn)，任何單位和個人不得擅自調(diào)整。對確需調(diào)整的，應(yīng)嚴(yán)格按照預(yù)算調(diào)整的相關(guān)規(guī)定執(zhí)行。補助地方林業(yè)生態(tài)工程的中央預(yù)算內(nèi)固定資產(chǎn)投資補助資金要納入地方同級財政預(yù)算管理。
三、規(guī)定了林業(yè)生態(tài)工程建設(shè)資金的支出范圍。
林業(yè)生態(tài)工程建設(shè)資金必須嚴(yán)格按照國家批復(fù)的總體規(guī)劃、實施方案或初步設(shè)計確定的建設(shè)內(nèi)容和標(biāo)準(zhǔn)安排使用，主要用于：前期工作、科技支撐、封山（沙）育林、人工造林、飛播造林（含飛后管護）、森林防火、野生動植物保護及保護區(qū)基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)、種苗補助、建設(shè)單位管理費、招投標(biāo)費等。
各地區(qū)、各單位不得以任何方式擠占、截留、滯留、挪用建設(shè)資金。
四、明確了林業(yè)生態(tài)工程建設(shè)資金監(jiān)督檢查的重點，強調(diào)了有關(guān)責(zé)任追究的要求。
《辦法》規(guī)定各級財政部門、林業(yè)部門要加強對林業(yè)生態(tài)工程建設(shè)資金的監(jiān)督和檢查。對發(fā)現(xiàn)的問題，要按照有關(guān)規(guī)定做出檢查結(jié)論，并將相關(guān)情況上報財政部和國家林業(yè)局。對造林任務(wù)完成情況；實際造林方式、樹種與作業(yè)設(shè)計比較情況；種苗費、整地費、撫育費等合同簽訂情況；建設(shè)單位管理費；待核銷基建支出；地方財政配套資金到位情況；政府采購和招投標(biāo)情況等進行重點審核。
《辦法》強調(diào)凡違反規(guī)定，弄虛作假，騙取、擠占、滯留、挪用資金或項目未按規(guī)定實施的，除將已撥付資金全額收繳國庫外，各級財政部門要立即停止對建設(shè)單位所在地區(qū)的資金撥付，直至糾正。對有關(guān)責(zé)任人要根據(jù)《財政違法行為處罰處分條例》（國務(wù)院令第427號）等有關(guān)規(guī)定進行處理并依法追究行政責(zé)任。
