20世紀(jì)80年代初，為推動我國科技體制改革，變革科研經(jīng)費撥款方式，中國科學(xué)院89位院士(學(xué)部委員)致函黨中央、國務(wù)院，建議設(shè)立面向全國的自然科學(xué)基金，得到黨中央、國務(wù)院的首肯。隨后，在小平同志的親切關(guān)懷下，國務(wù)院于1986年2月14日批準(zhǔn)成立國家自然科學(xué)基金委員會（簡稱“自然科學(xué)基金委”）。
自然科學(xué)基金委是管理國家自然科學(xué)基金的國務(wù)院直屬事業(yè)單位。自成立以來，在黨中央的關(guān)懷下，在國務(wù)院的正確領(lǐng)導(dǎo)和國務(wù)院有關(guān)部門及全國科學(xué)家的支持下，科學(xué)基金工作突破了計劃經(jīng)濟體制下科研經(jīng)費依靠行政撥款的傳統(tǒng)管理模式和管理理念，全面引入和實施了先進的科研經(jīng)費資助模式，確立了“依靠專家、發(fā)揚民主、擇優(yōu)支持、公正合理”的評審原則，建立了“科學(xué)民主、平等競爭、鼓勵創(chuàng)新”的運行機制，建立健全了決策、執(zhí)行、監(jiān)督、咨詢相互協(xié)調(diào)的科學(xué)基金管理體系，形成了“公正、奉獻、團結(jié)、創(chuàng)新”的委風(fēng)，充分發(fā)揮了自然科學(xué)基金對我國基礎(chǔ)研究的“導(dǎo)向、穩(wěn)定、激勵”的功能，不斷發(fā)展完善以學(xué)科體系為框架，價值評議和績效評估為依據(jù)的管理體系并制訂了一整套的自然科學(xué)基金管理辦法。同時，按照新時期我國科技工作的原則、方針和思路，根據(jù)全面建設(shè)小康社會的戰(zhàn)略需求，從國家創(chuàng)新體系建設(shè)的總體部署出發(fā)，確定了自然科學(xué)基金在國家創(chuàng)新體系中的戰(zhàn)略定位：“支持基礎(chǔ)研究，堅持自由探索，發(fā)揮導(dǎo)向作用”。
自然科學(xué)基金堅持支持基礎(chǔ)研究，形成和發(fā)展了“項目”與“人才”兩大資助板塊：建立了以面上、重點、重大項目三個層次為主、一系列專項基金相互配合銜接的項目資助格局；通過實施吸引與培養(yǎng)優(yōu)秀青年科技人才戰(zhàn)略，架構(gòu)了以國家基礎(chǔ)科學(xué)人才培養(yǎng)基金、青年科學(xué)基金、國家杰出青年科學(xué)基金、創(chuàng)新研究群體科學(xué)基金構(gòu)成的較為完整的人才培養(yǎng)資助體系。國家財政對自然科學(xué)基金的投入不斷增長，從1986年的8000萬元起步已增長到2005年的26.95億元，較大地改善了自然科學(xué)基金的資助環(huán)境，項目資助強度穩(wěn)步提高。同時，科學(xué)基金工作緊緊圍繞實施源頭創(chuàng)新戰(zhàn)略，切實推進營造創(chuàng)新環(huán)境、凝聚優(yōu)秀人才和培育創(chuàng)新文化三大計劃，推出了一系列新的舉措，在完善和發(fā)展科學(xué)基金制的實踐中又取得了新的成績。
十幾年來，自然科學(xué)基金在推動我國自然科學(xué)基礎(chǔ)研究的發(fā)展，促進基礎(chǔ)學(xué)科建設(shè)，發(fā)現(xiàn)、培養(yǎng)優(yōu)秀科技人才等方面取得了巨大成績；為提升基礎(chǔ)研究創(chuàng)新能力進行了有益的探索，積累了寶貴的經(jīng)驗，為我國基礎(chǔ)研究的發(fā)展和整體水平的提高作出了積極貢獻。
本世紀(jì)頭20年是我國經(jīng)濟社會發(fā)展的重要戰(zhàn)略機遇期，也是我國科學(xué)技術(shù)發(fā)展的重要戰(zhàn)略機遇期。自然科學(xué)基金委將牢牢把握戰(zhàn)略機遇期，樹立和落實科學(xué)發(fā)展觀，弘揚科學(xué)基金工作優(yōu)良傳統(tǒng)；按照“尊重科學(xué)，發(fā)揚民主，提倡競爭，促進合作，激勵創(chuàng)新，引領(lǐng)未來”的新時期工作方針，繼續(xù)深入實施科教興國、人才強國和可持續(xù)發(fā)展三大戰(zhàn)略，發(fā)揚求真務(wù)實的精神，堅持以創(chuàng)新能力建設(shè)為主線，以培養(yǎng)和造就大批創(chuàng)新人才為核心，以創(chuàng)新環(huán)境建設(shè)為重點，以機制和體制創(chuàng)新為保障，不斷完善和發(fā)展科學(xué)基金制，努力提高科學(xué)基金管理工作水平，為迅速提高我國的原始性創(chuàng)新能力，實現(xiàn)全面建設(shè)小康社會的奮斗目標(biāo)作出應(yīng)有的貢獻。
